为了规范和指导MES系统在企业的应用和发展，MESA(MES国际联合会)在ISA-95标准中给出了MES的11项功能模块的定义（实际的产品可能包含其中一项或多项功能），主要的功能模块如上面图2所示。同时，MES系统和SCM、ERP、PLC、PLM等系统有良好的集成性。

    针对医药行业特点，MES的典型功能，主要体现在以下几个方面：

    生产资源的调配和管理

提供详尽的资源使用记录，可供使用的资源实时状态信息，保证资源处在最佳状态。这些资源包括设备、工具、人员(要求具备特殊技能的人员)、原材料和生产产品信息文档。信息必须具备可维护性和可利用性，必须具备真实有效性。

    生产计划安排

根据优先级、特性、资源限制和流程间的相互依赖关系安排生产，优化生产流程并最大限度地减少重复劳动。按照操作的可替代性、并行性和重叠性，计算出详细精确的时间表、设备利用表。MES层通过对生产设备和人力资源等生产要素的分配来控制生产流程。包括批量控制系统的启动、生产顺序的调配，以及生产运行启动指令。

    生产过程管理

监督生产过程，自动纠正或改进生产过程，提供信息反馈给操作员。具有报警管理机制，以确保生产人员了解生产过程中出现的超出偏差允许范围的情况。

    配方管理

 生产配方编辑、验证、发布与管理。

    生产文件归档控制

包括SOP、生产指令、配方、控制系统程序、工艺流程图表、批量生产记录、生产报警信息记录，以及除生产报表以外的一些其他生产文档资料。

    劳动力管理

根据劳动技能、工作方式，安排各个批次生产中操作人员的使用。这些信息资料通常被保存在人力资源系统，但对于更加详细的数据信息资料通常都不会在人力资源系统中得到，在这种情况下，人力资源管理能够被充分考虑到并同时作为MES功能的一部分。